سازماندهي مواد آموزشي توسط معلم و به صورت سليقه‌اي انجام مي‌شد روش آموزشي بيش‌تر بر اساس شيوه‌ي مباحثه‌اي بود. اگر چه در بعضي مدارس شيوه‌هاي تجربي و استقرايي نيز به كار گرفته مي‌شد، ولي در هر حال برنامه‌ريزي متمركزي وجود نداشت. هر مكتب‌خانه‌اي با توجه به توان معلم براي خود برنامه‌ريزي مي‌كرد و با پيدايش فرقه‌هاي مختلف مذهبي مكتب‌خانه‌ها نيز با اهداف و برنامه‌هاي مختلف به وجود آمدند. اغلب فرقه‌ها نظام آموزشي خاص داشتند و اهداف خود را در اين مكتب‌خانه‌ها آموزش مي‌دادند تا قبل از تاسيس مدارس عالي برنامه مكتب‌خانه‌ها مشتمل بر آموزش قرآن، مقدمات زبان عربي و اصول دين بود. اما با تاسيس مدارس عالي، مكتب‌خانه‌ها به عنوان دوره‌ي آمادگي براي اين مدارس به حساب مي‌آمدند. با توجه به نظام آموزش نظاميه‌ها برنامه مكتب‌خانه‌ها كامل‌‌تر شد و موضوعاتي مانند تاريخ اسلام، شعر، رياضيات و خوشنويسي، زبان و ادبيات عرب به آن اضافه شد. روش آموزش انفرادي بود و شاگردان مطالب را حفظ مي‌كردند و به معلم خود ارايه مي‌دادند. براي تامين نظم و انضباط، تنبيه و تشويق رايج بود. با گسترش اسلام و ظهور فرق گوناگون مدارس عالي توسعه يافت به طوري كه هر فرقه مدارس عالي خاصي را به خود اختصاص داده بود و فرقه‌هاي ديگر حق حضور در آن‌ها را نداشتند. يكي از نخستين مراكز آموزش عالي بيت‌الحكمه بود كه از لحاظ علمي توسعه بسيار زيادي يافت، بعد از بيت‌الحكمه به نظاميه‌ها مي‌توان اشاره كرد. خواجه نظام الملك موسس نظاميه‌ها اولين كسي است كه نظام آموزشي را بعد از اسلام تحت كنترل حكومت در آورد و به مدارس نظام خاصي داد. به غير از خواجه انديشمندان زيادي پيدا شدند كه تاثيرات چشمگيري بر تمدن و فرهنگ بشري گذاشتند كه هنوز بسياري از آثار آن باقي است.